La filosofía de la I. E. D. Madre Marcelina está basada en el amor a Cristo, desde la comunidad religiosa que dirige el plantel Hermanitas de los Pobres de San Pedro Claver, la cual reviste en el marco educativo de la Institución orientada a brindar una educación sustentada en el desarrollo integral humano. Por lo tanto se busca la formación de una Institución autògestionada que rescate los valores con principios sólidos, reflexivos, participativos, y democráticos que faciliten una convivencia pacífica.